La causa della malattia è sconosciuta.
Sono state fatte numerose ipotesi, anche se non sempre hanno mostrato pareri univoci, tra le quali:
la mestruazione retrogradasecondo questa teoria, durante la mestruazione, del tessuto endometriale migra in senso inverso nelle tube e si impianta nell'addome.Secondo alcuni esperti, la migrazione retrograda è presente in tutte le donne, ma solo nelle donne affette da endometriosi un difetto immunitario e/o ormonale pemette al tessuto di radicarsi e crescere.
il trapianto di cellule endometriali nelle regioni dalle quali dovrebbero essere assenti. Il trasporto avverrebbe attraverso le vie linfatiche, vascolari, tubariche o a seguito di ghirurgia ginecologica.
l'alterazione del sistema immunitario,
il difetto congenito,
la predisposizione genetica,
i danni di tipo ambientali.
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